Ocultar elementos se puede considerar contenido engañoso de cara a Google

Existe la práctica de intentar ocultar texto o enlaces para manipular el posicionamiento en los resultados de búsqueda de distintos motores de búsqueda. En el caso de Google se puede considerar un comportamiento engañoso ya que infringe las directrices para webmasters de Google.

En ningún caso hay que confundir esta mala práctica de black hat SEO con la ofuscación de enlaces. Mientras aquí se trata de simular que hay unos enlaces que realmente no hay de cara a los motores de búsqueda. Con la ofuscación lo que se trata es de que los usuarios tenga la usabilidad de un enlace sin que Google lo rastree.

Aunque no sea intencional, es por esto que si se oculta contenido por medio de CSS (sobre todo inline); incluyendo enlaces, estos no contarán como enlaces. Aunque luego este contenido se vuelva a mostrar por medio de Javascript.

En el mejor de los casos no rastreará los enlaces (aunque aparezcan en el código fuente), y en el peor (yéndonos al extremo) se puede considerar contenido engañoso y ser penalizable.

Si por algún efecto de la funcionalidad de la web, se tiene que ocultar el contenido. Es mejor que sea visible de forma "nativa" y que se "oculte" por medio de Javascript.

Elementos que pueden ser considerados ocultos:

Display: none

Visibility: hidden

Opacity: 0

Cualquier método de ocultación por medio de transform

Font size, width o height excesivamente pequeños

Mandar el elemento fuera de la pantalla con css

Poner enlaces en un solo carácter (una letra, un punto...)

Usar el color de fondo del mismo color (o similar, también lo detecta) que el texto/enlace

Como he explicado, muchas veces puede no ser intencional, y no todo el texto oculto se considera engañoso. Por ejemplo hay incluso estándares como con la navbar de desktop y mobile. Pero hay que tener cuidado con las prácticas mencionadas arriba, porque a veces se producen no intencionadamente.

Tip extra: Si hay algún contenido que se muestre solamente por medio de javascript, por cualquier cuestión de dinamismo. Es recomendable mostrar una alternativa similar con <noscript>

¿Cómo es que Google lo puede tomar como oculto sin utilizar interfaz gráfica?

Aunque no lo diga especificamente, si nos basamos en lo que dice la documentación: https://developers.google.com/search/docs/advanced/guidelines/hidden-text-links?hl=en

Tenemos una pista de que usando o no interfaz gráfica, Google tiene en cuenta el CSS para procesar la web.

Se puede experimentar esto de una forma muy sencilla.

Si se pone una URL que solo esté enlazada desde un lugar que tenga un enlace con opacity 0 (para poder experimentarlo antes, una URL nueva y el CSS inline, de otra forma funcionará igual, pero tardará más).

Podrás comprobar varias cosas.

Si inspeccionas desde Google Search Console, no tendrá páginas de referencia, si inspeccionas con Screaming Frog, utilizando la opción de detectar URL Huérfanas (con la API de Google si deseas, para que nadie diga que es fallo de Screaming). Te saldrá la URL como huérfana.

Si no es visible, como aparece en esta imagen en el mobile friendly test, hay un problema, aunque el enlace sea visible mirando el código fuente.