Los hostings compartidos tienen una configuración distinta de servidor cuando se permiten editar archivos como el htaccess
Pregunta: En un servidor compartido si metes el x-robots-tag afecta a todas las webs que se establezcan en el?
Entiendo que si pero no estoy seguro.
Respuesta: No, la configuración de cada web afecta solo a esa web específica. Tanto en Apache como con Nginx, suele separarse las configuraciones por proyectos, incluyendo en los hostings compartidos.
Cuando se deja acceso al servidor en este entorno de webs, las configuraciones que se realicen (por ejemplo en htaccess o en nginx.conf) afectan solo al directorio (dominio/proyecto) que está destinado. Esto también ocurre por ejemplo en VPS o Clouds donde se tienen distintos proyectos almacenados.
Otra cuestión sería la configuración respecto a módulos que puedan tener instalados, donde evidentemente la configuración "primaria" si que será la misma. Pero se puede hacer uso de la configuración pensada en el SEO sin problema.
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